We say: Where has Tom gone?
1. Вопросительное слово (where)
2. Вспомогательный глагол (has)
3. Подлежащее (Tom)
4. Основной глагол (gone)
But: He asked me where Tom had been.
1. Вопросительное слово (where)
2. Подлежащее (Tom)
3. Основной глагол (had gone)
Если прямая речь начинается с глагола (do/does, have/has, can etc.), то в косвенной речи он заменяется "if".
Dan asked: "Can you ski?"
Dan asked if I could ski.
| 
